Proiectele AFI de sănătate publică au scopul de a proteja oamenii și sănătatea acestora cu ajutorul efortului organizat al societății. Activitățile sunt direcționate spre a preveni diverse boli (tuberculoza, HIV/SIDA), a prelungi viața și a promova sănătatea.
Pentru că sănătatea fiecărui individ formează sănătatea întregii societăți avem proiecte la diverse nivele de sanatate publică, începînd cu sănătatea individuală și sănătatea grupurilor sociale sau etnice mici, și terminînd cu sănătatea unei unități administrativ-teriotoriale și sănătatea societății în întregime.
Prin intermediul proiectelor de sănătate publică asigurăm schimbul de experienţă şi cooperare în planificarea şi implementarea reformelor aferente sistemului de sănătate la nivel naţional şi regional, inclusiv prin dezvoltarea relaţiilor de colaborare cu structuri similare din alte state şi cu organizaţii internaţionale interesate în domeniul sănătăţii, ceea ce ne ajută să găsim soluții inovative pentru problemele de sănătate a societății noastre.
AFI reprezintă interesele grupurilor vulnerabile în organisme naționale și internaționale în domeniul sănătății. În momentul de față, AFI administrează Secretariatul Platformei OSC-urilor active în lupta cu TB și al Comitetului KAP (key-affected populations) care reprezintă interesele populațiilor cheie afectate de TB și HIV/SIDA la nivel național. De asemenea, AFI participă la grupurile tehnice de lucru a Consilului Național de Coordonare (CNC) a programelor de profilaxie și control al infecției HIV/SIDA, infecțiilor cu transmitere sexuală și de control al tuberculozei. Iar la nivel internațional AFI este membru al STOP TB Partnership și TB Europe Coalition, dar și reprezentat pe țară a Law Enforcement and HIV Network (LEAHN).